Die andere Netzwerkkarte zu nutzen hat auch nichts gebracht. das gleiche Problem, die Verbindung ist nach ein paar Gigabyte einfach weg.
Verwunderlich war das keinerlei Logeinträge generiert wurden. Den entscheidenden (?) Hinweise hat mir dann ethtool gegeben, damit habe ich festgestellt das die Netzwerkkarte nur als 100/half betrieben wurde. Kurze Kontrolle zeigte, das statt des vermuteten Switches dann doch nur ein Dual Speed Hub am Server hängt um WLAN und Solaranlage anzubinden. Diesen durch einen 4 Port Switch ersetzt und die Probleme waren weg. vermutlich hat der Bay Networks/Netgear DS108 einfach die Backen dicht gemacht, eine Kontrolle mit 45 Gigabyte verlief zumindest ohne Auffälligkeiten.
Ein neuer Gigabit Switch steht dennoch an. Nur bin ich noch unsicher ob ich nicht gleich einen managbaren Switch nehmen soll..